1957
Le Maroc est devenu indépendant et les relations avec Israël se compliquent et posent des problèmes qu’André Chouraqui évoque au cours des entretiens qu’il a Rabat avec Si Bekkaï, Mohamed El Fassi, Zégari, Ministre de la Défense nationale, Si Larbi Alaoui, Ben Barka, Bou Abid, Aherdane.
6 mai : Fait une communication au Congrès de Royaumont sur L’Humanisme et le Judaïsme
Cette même année, il fait un nouveau voyage en Israël (M/S Herzl). Il représente l’Alliance au Congrès des Sciences hébraïques où il fait une communication sur les Juifs d’Afrique du Nord dont l’intégration pose des problèmes de plus en plus aigus à l’état. Il soulève ces problèmes auprès des instances responsables du Gouvernement et de l’Agence juive. Représentant de l’AIU lors de la pose de la première pierre du lycée à Ramat-Aviv, en fin juillet 1957.
Travaille à Doshen près de Beith Shean, avec Annette Lévy, sa future femme, à la récolte du coton. Dès cette époque, travaille à la préparation du livre d’histoire qui célébrera le centenaire de l’Alliance Israélite Universelle.
La gentilhommière où il vit alors à Coupvray, près de Paris, devient le lieu de rencontres intellectuelles entre juifs, chrétiens, musulmans. Il écrit son recueil de poèmes, Cantique pour Nathanaël, rédige un long rapport : Le Baron de Hirsch et la Jewish Colonisation Society (le seul de ses livres qui n’ait pas encore été publié). Enfin il travaille à la rédaction de son livre sur Théodore Herzl.
Il participe au nom de l’Alliance à des rencontres internationales, collabore avec Edmond Fleg et Jules Isaac à la préparation de rencontres judéo-chrétiennes. Donne des conférences en Belgique, Suisse et Italie et fait de nouveaux séjours en Afrique du Nord qui continue à se vider de ses Juifs. Ecrit des articles dans le Monde et la presse mondiale, participe régulièrement en France et ailleurs à des émissions de radio et de télévision et à des congrès.
24 octobre : Création au Théâtre des Champs Elysées, en un concert diffusé sur les ondes nationales, de l’oratorio Le lys de Saron, composé par Jean Martinon, sur un livret inspiré de la traduction du Cantique des cantiques d’A. Chouraqui.
Mort de son père, Isaac Chouraqui.
1958 Ses séjours de plus en plus prolongés en Israël le convainquent de la nécessité pour lui de poursuivre son œuvre en Israël où, depuis 1950, il passe de longs mois chaque année.
Il épouse alors Annette Lévy, fille du Docteur et de Madame Gaston Lévy, dont il aura 5 enfants : Emmanuel (1959), Elisabeth (1960), Yaël (1961), David (1965) et Mikhal (1968).
Ils s’installent à Jérusalem, Rehov Hovevei Sion, puis rue Ain Roguel (Mars 1964) où ils ont bâti leur demeure, sur ce qui était alors la frontière jordanienne.
1959
Janvier : Naissance d’Emmanuel, son fils aîné.

25 juillet 1959 – A. et Annette Chouraqui avec leur fils Emmanuel chez le Président et Madame Ben Zvi à Ashkélon.
Au cours d’une mission au Maroc, il a de nouveaux contacts avec Si Bekkaï, qui est Président du Conseil, Ben Barka, Bou Abid, Aherdane. Il donne plusieurs conférences publiques et, en privé, s’occupe aussi des graves problèmes que pose la poursuite de l’émigration juive.
Octobre : A la suite des événements de Wadi Salib, Ben Gourion a plusieurs entretiens avec André Chouraqui. Il lui propose de devenir son Conseiller, puis membre du Parlement. Refus. A la veille de Kippour, ces conversations aboutissent à Sdé Boker, à sa nomination en tant que conseiller du Chef du Gouvernement pour la fusion des Communautés, avec le salaire symbolique d’une livre par an. A la Présidence du Conseil il fait adopter un programme de gouvernement qui modifie les tendances dominantes, notamment en matière d’intégration des immigrants et d’éducation. Il obtient de sérieuses réformes au Ministère de l’Education nationale, ainsi que le doublement du budget de l’Éducation. Est élu au Comité central du Parti travailliste, membre de plusieurs Comités du Gouvernement et de l’Agence juive, délégué et membre du tribunal arbitral de l’Organisation sioniste mondiale. Il soulève les problèmes dont il a la responsabilité en des dizaines de réunions privées et publiques, en une action incessante sur les différents ministres intéressés. Il résout un grand nombre de cas d’espèce, imprimant une direction nouvelle dans la pratique administrative et l’opinion du pays, malgré de très lourdes résistances qu’il n’arrive pas toujours à briser.
1960
Concrès de l’AIU à l’UNESCO. De g. à dr. : Jules Brunschwig, A. Chouraqui, Edmond Fleg, et le Grand Rabbin Jacob Kaplan
Janvier : Naissance d’Elisabeth.
Juin : Communication à l’UNESCO lors de la célébration du centenaire de l’Alliance Israélite Universelle.

Congrès de l’A.I.U à l’Unesco. De g. à dr. : Jules Braunschwig, A. cjourauqi, Edmond Fleg et le Grand Rabbin Jacob Kaplan
4 novembre : Fait un nouveau séjour au Maroc et a des contacts avec le gouvernement marocain sur l’immigration des Juifs. Etablit les premiers contacts entre le Maroc et Israël, qui se développeront par la suite.
Entre-temps, il publie son volume de poèmes, Cantique pour Nathanaël chez José Corti et une biographie de Théodore Herzl au Seuil, qui sera aussitôt traduite en hébreu et en anglais.
1961 Adopte la nationalité israélienne tout en conservant la nationalité française.
Du 6 janvier au 12 mars : Dernière tournée de conférences en Algérie, où sa mère vit encore, à Oran, Alger, Constantine, Blida, Bone, Sidi Bel Abbès, Tlemcen, etc. Donne 18 conférences publiques et, au cours de réunions privées, avertit ses amis des dangers dont la situation est visiblement grosse. Ces conférences seront évoquées dans les milieux gouvernementaux tandis que l’exode des Juifs s’accélère.
Juillet : Naissance de Yaël.
5 octobre au 21 novembre : En compagnie d’Annette, nouvelle mission aux Etats-Unis, à Chicago, Indiannapolis, Lansing, Madison, Minneapolis, Champaing (Illinois), South Bend (Indiana), Détroit, Dallas, Washington, New-York, San Francisco, Los Angeles (UCLA) , Berkeley, San Antonio, Austin, etc. Sa tournée américaine se termine à Toronto et à Montréal où l’accueillent les amis de l’Alliance. En six semaines, il a prononcé en anglais, dans 16 villes et 19 universités, 60 conférences et donné 30 interviews à la presse, à la radio et à la télévision. L’Université de Los Angeles lui offre une chaire qu’il refuse. Il parle là de The impact of Christianity and Islam on Israel à la Graduate School of Religions.
1962 Etant encore conseiller du Président du Conseil, nouvelle mission en Afrique du Sud, au Sénégal et dans différents pays d’Afrique.
1963 Conseiller de Ben Gourion, il part en mission au Vatican, où il a des contacts avec plusieurs membres de la Curie romaine et remet une note verbale (11 mai) à Mgr. Samoré, pro-secrétaire d’Etat aux Affaires ecclésiastiques et extraordinaires sur les relations du Saint-Siège avec le monde juif et l’État d’Israël. Un jour avant, le 10, il assiste, à la Basilique Saint-Pierre de Rome, à la remise solennelle au Pape Jean XXIII, dont ce sera la dernière apparition publique, du Prix de la Paix.

1966 – Avec David Ben Gourion
Voyage à Brazzaville, et une fois de plus au Congo, en Rhodésie du Sud, au Rwanda Burundi, où il visite les principales villes. Il est reçu par le Gouvernement du Congo belge, et donne des conférences et interviews radiodiffusées et télévisées.
Voyages et contacts en Iran, puis aux Etats-Unis où il est invité à prononcer une conférence à New-York. L’assassinat du Président Kennedy en provoquera l’ajournement à une date ultérieure.
Conférences en France, Belgique, Suisse et en Algérie peu de temps après l’indépendance.
1964 Il démissionne de ses fonctions de Conseiller du Président du Conseil, quelques mois après le départ de Ben Gourion. Lévi Eskol mettra plusieurs mois avant d’accepter sa démission.
Libéré de ses fonctions au Gouvernement, il poursuit la rédaction de son livre Cent ans d’Histoire, l’Alliance israélite universelle et la renaissance juive contemporaine.
19 octobre : Participe à Paris, à un colloque Hommes de religions, facteurs de paix.
6 Novembre : Au Congrès universel des Croyants, fait une communication sur Israël et l’unité de l’Église.
Nouvelles conférences, en Grèce, Suisse (Genève, Lausanne, Neuchâtel, Fribourg).
18 novembre au 10 décembre : Au Centre d’Études Œcuméniques de Genève (Bossey), fait une série de cours sur le judaïsme et Israël.

1965 Avec René Cassin
André Chouraqui passe plusieurs mois en France et met au point son livre Cent ans d’Histoire, l’Alliance israélite universelle et la renaissance juive contemporaine, qui paraît en automne, avec une préface du Président René Cassin. Ce livre reçoit le Prix Louis Marin de l’Académie des Sciences morales et politiques.
Fait plusieurs conférences en France et à l’étranger.
Juillet : Shimon Pérès lui demande, au nom de Ben Gourion, d’être le numéro deux de la liste Rafi pour les élections parlementaires. Nouveau refus à la carrière parlementaire qui lui est ainsi proposée pour la troisième fois.
Août : Naissance de David.
Dès 1960, est en rapport étroit avec Jules Isaac lorsque celui-ci prépare et organise sa mission au Vatican. Le document que Jules Isaac remet au Pape Jean XXIII servira de point de départ à la longue et difficile action qui finira par aboutir, en septembre 1965, au Document de Vatican II sur les religions non chrétiennes, Nostra Aetate.
Septembre : Accepte d’être le second sur la liste de Teddy Kollek pour les élections à la mairie de Jérusalem.
8 Octobre : Il voyage en Angleterre, à Londres et à Brighton pour des conférences, puis se hâte d’aller faire campagne à Jérusalem. Teddy Kollek obtient un succès qui lui assure la fonction de maire, et à André Chouraqui celle de vice-maire de Jérusalem (1965-1973).
Du 17 au 21 décembre : après son élection, revient en France, en Angleterre, puis retourne à Jérusalem où il prend ses nouvelles fonctions à la mairie.
A la municipalité, il est spécialement chargé de la culture et des relations interconfessionnelles. Dans ce domaine, à une époque particulièrement difficile, imprime une direction nouvelle aux rapports entre Juifs, Chrétiens et Musulmans de Jérusalem.
Cette même année, il accompagne en Israël une personnalité musulmane qui souhaite garder l’anonymat.